مرتضی بختیاری از مهر ۱۳۸۴ تا شهریور ۱۳۸۸ به عنوان استاندار اصفهان فعالیت کرد، حضور او در استانداری اصفهان به‌طور ویژه با چالش‌های مرتبط با بحران آب، مناقشات زاینده‌رود، و تنش‌های سیاسی-اجتماعی استان همزمان بود. بختیاری، به‌واسطه گرایش سیاسی نزدیک به احمدی‌نژاد و سوابق قضایی و امنیتی، نقش مهمی در مدیریت و پیشبرد سیاست‌های دولت نهم در این استان ایفا کرد.

دیدبان اصفهان: مرتضی بختیاری به عنوان یکی از نیروهای برجسته اصول‌گرا و هم‌راستا با دولت محمود احمدی‌نژاد، در پیشبرد سیاست‌های این دولت در اصفهان نقش اساسی داشت. گرایش‌های سیاسی بختیاری در هماهنگی با گروه‌های اصول‌گرا و نزدیکی به هسته‌های سیاسی-امنیتی دولت احمدی‌نژاد، از جمله ویژگی‌های برجسته دوران استانداری او بود. او در جایگاه خود نه تنها به پیشبرد سیاست‌های دولتی کمک کرد، بلکه به تقویت گروه‌های همسو با جریان اصول‌گرا در استان اصفهان نیز پرداخت.

بختیاری، به‌عنوان یکی از نیروهای نزدیک به جریان اصول‌گرایی و دولت احمدی‌نژاد، در دوران استانداری خود افرادی را در سمت‌های مدیریتی و فرمانداری شهرستان‌ها منصوب کرد که به‌طور عمده گرایش‌های سیاسی همسو با دولت داشتند. این انتصاب‌ها، به‌جای آنکه بر مبنای شایستگی و تخصص باشد، بر اساس گرایش‌های سیاسی و همراهی با سیاست‌های دولت نهم انجام شد. این مسئله باعث شد که مدیریت بحران آب و سایر چالش‌های استانی به‌صورت کارآمدی حل نشود و بیشتر به تشدید مشکلات بینجامد.

مرتضی بختیاری به‌عنوان استاندار اصفهان در دولت محمود احمدی‌نژاد، مسئولیت مدیریت استانی را بر عهده گرفت که با بحران جدی آب مواجه بود. این دوره به دلیل مدیریت نامناسب منابع آبی، به‌ویژه زاینده‌رود، به عنوان یکی از پرتنش‌ترین دوران‌های تاریخ معاصر اصفهان شناخته می‌شود. بختیاری در مواجهه با این بحران، به‌جای حل مشکل به‌صورت پایدار و علمی، به سیاست‌هایی روی آورد که نه‌تنها منجر به کاهش مشکلات نشد، بلکه تنش‌ها را میان مردم محلی، کشاورزان، و حتی استان‌های هم‌جوار افزایش داد.

یکی از اشتباهات بزرگ بختیاری در دوران استانداری، اجرای سیاست‌های دولت احمدی‌نژاد در زمینه مدیریت آب بود. این سیاست‌ها که مبتنی بر انتقال آب از حوضه زاینده‌رود به استان‌های همجوار نظیر چهارمحال و بختیاری بود، نه‌تنها منابع آبی اصفهان را به شدت کاهش داد، بلکه باعث ایجاد اعتراضات گسترده کشاورزان و مردم محلی شد.

در دوران بختیاری، بی‌توجهی به کاهش ذخایر آب زاینده‌رود و استفاده نادرست از منابع آبی برای پروژه‌های انتقال آب به سایر استان‌ها، یکی از مهم‌ترین عوامل بحران زیست‌محیطی در اصفهان بود. سیاست‌های نادرست دولت احمدی‌نژاد و همراهی بختیاری با این سیاست‌ها، منجر به خشک شدن تدریجی زاینده‌رود شد که این موضوع تأثیرات منفی گسترده‌ای بر بخش کشاورزی، محیط زیست، و زندگی مردم اصفهان داشت.

یکی از اقدامات بختیاری در این زمینه، حمایت از طرح‌های انتقال آب بین حوضه‌ای بود که باعث افزایش تنش‌های منطقه‌ای شد. انتقال آب از زاینده‌رود به استان‌های دیگر از جمله چهارمحال و بختیاری، همواره با مخالفت‌های شدید کشاورزان و فعالان محیط‌زیست همراه بود. بختیاری به عنوان نماینده دولت، نقش محوری در پیشبرد این طرح‌ها ایفا کرد؛ هرچند که این مسئله به مرور زمان به بحرانی بزرگ‌تر تبدیل شد و تنش‌ها میان استان‌های هم‌جوار را تشدید کرد.

در بخش کشاورزی نیز، بختیاری با چالش‌های متعددی روبرو بود. از یک سو کاهش منابع آبی باعث شد که کشاورزان به تدریج با مشکلات جدی مواجه شوند و از سوی دیگر، فشارهای دولت برای تغییر الگوی کشت و کاهش مصرف آب نیز نارضایتی‌های بیشتری به همراه داشت.