سید جعفر موسوی از شهریور ۱۳۷۶ تا تیر ۱۳۸۱ به عنوان استاندار اصفهان فعالیت کرد، دوره‌ای که هم‌زمان با دوره اصلاحات در دولت سید محمد خاتمی بود. دوره‌ای که او در استانداری اصفهان گذراند، هم‌زمان با شروع دوره اصلاحات در ایران بود و این مسأله تاثیر مستقیمی بر عملکرد و تصمیمات او داشت. این دوره به عنوان زمانی از تحول، چالش‌ها، و تلاش برای ایجاد تغییرات اساسی در اصفهان به یاد می‌آید.

دیدبان اصفهان: سید جعفر موسوی از چهره‌های اصلاح‌طلب بود که در این دوره توانست در اصفهان نقش‌آفرینی کند. او به عنوان یکی از نیروهای دولت خاتمی تلاش می‌کرد تا ارزش‌های اصلاحات را در اصفهان ترویج دهد. موسوی اعتقاد داشت که توسعه استان باید بر پایه آزادی، مشارکت مردم و شفافیت باشد و در این راستا تلاش کرد تا با ایجاد فضای گفت‌وگو، نهادهای مدنی را تقویت کند. با وجود فضای سیاسی متلاطم آن دوره، موسوی تلاش کرد تا از سیاست‌های دولت خاتمی در استان اصفهان حمایت کند و به ترویج فرهنگ گفت‌وگو، مشارکت مردمی، و توسعه اقتصادی بپردازد. او با بهره‌گیری از ظرفیت‌های موجود در استان و ایجاد هماهنگی بین نیروهای سیاسی و مذهبی، موفق شد تا فضای همکاری و تعامل را در اصفهان تقویت کند.

یکی از مسائل مهمی که موسوی در دوره استانداری با آن مواجه بود، هماهنگی و تعامل با شخصیت‌های مذهبی و سیاسی اصفهان بود. یکی از چهره‌های مهم مذهبی در اصفهان، آیت‌الله جلال‌الدین طاهری، امام جمعه اصفهان، بود که در بسیاری از موضوعات مهم استان نظراتی تأثیرگذار داشت. موسوی به خوبی توانست با ایجاد یک پل ارتباطی مؤثر، حمایت طاهری را در پیشبرد برخی از برنامه‌های توسعه‌ای خود جلب کند. این هماهنگی باعث شد تا اجرای پروژه‌های عمرانی و اقتصادی با موانع کمتری مواجه شود.

اما این تعامل همواره بدون چالش نبود. در دوره‌ای که اختلاف نظر بین اصلاح‌طلبان و محافظه‌کاران کشور به اوج رسیده بود، موسوی نیز در استان با فشارها و انتقادهایی از سوی نیروهای مخالف روبرو شد. تلاش او برای ایجاد تعادل و ایجاد فضای باز سیاسی، یکی از نقاط قوت دوران استانداری‌اش بود.

همچنین، سید جعفر موسوی با نمایندگان مجلس شورای اسلامی و شورای اسلامی شهر اصفهان ارتباط نزدیکی داشت. این تعاملات باعث شد که در مسیر اجرای طرح‌های عمرانی و اقتصادی، حمایت‌های لازم از نهادهای تصمیم‌گیرنده کسب شود و تخصیص بودجه‌های لازم برای پیشبرد پروژه‌های زیرساختی استان به دست آید.

سید جعفر موسوی در این مدت به پروژه‌های زیرساختی اهمیت زیادی داد. او به‌ویژه در حوزه حمل‌ونقل و جاده‌سازی اقدامات موثری انجام داد. توسعه بزرگراه‌های استان، احداث پل‌های ارتباطی جدید، و بهسازی مسیرهای مواصلاتی از جمله اقداماتی بودند که به بهبود وضعیت حمل‌ونقل و دسترسی مردم به مناطق مختلف اصفهان منجر شد.

موسوی همچنین تلاش کرد تا زیرساخت‌های صنعتی و تولیدی استان را تقویت کند. در این زمینه، او به ایجاد شهرک‌های صنعتی، جذب سرمایه‌گذاری‌های جدید و ایجاد اشتغال برای جوانان پرداخت. این سیاست‌ها به رشد اقتصادی استان کمک کرده و نرخ بیکاری را کاهش داد.

سید جعفر موسوی در دوران استانداری خود در اصفهان با وجود چالش‌های مختلف، توانست با بهره‌گیری از اصول اصلاح‌طلبی و توسعه‌گرایی، تحولات مهمی در استان به وجود آورد. او به عنوان مدیری عمل‌گرا و انعطاف‌پذیر، توانست بین نیروهای سیاسی و مذهبی استان هماهنگی ایجاد کند و پروژه‌های زیرساختی مهمی را به اجرا بگذارد. این دوره از استانداری او نه‌تنها با تحولات اقتصادی و اجتماعی همراه بود، بلکه نقطه عطفی در پیشبرد سیاست‌های اصلاح‌طلبانه در اصفهان به‌شمار می‌آید.

این ویژگی‌های مدیریتی و عملکرد موثر، موسوی را به عنوان یکی از مدیران تأثیرگذار در تاریخ معاصر استان اصفهان متمایز کرده و یادگاری ارزشمند از خود به‌جای گذاشته است.